Votre salarié vient de remettre un arrêt de travail (signé par son médecin) et vous vous demandez qui va percevoir ses indemnités journalières : lui ou vous ? C’est précisément là qu’intervient la subrogation de salaire : ce dispositif permet à l’employeur de toucher les indemnités de l’assurance maladie à la place du salarié, pour lui reverser ensuite l’ensemble en un versement unique. Mode d’emploi complet dans cet article.
💡 Ce qu’il faut retenir :
- La CPAM rembourse les indemnités journalières à l’employeur tous les 14 jours en moyenne.
- La subrogation de salaire n’est pas une obligation légale : c’est un choix de l’employeur. Elle ne peut exister que si le maintien de salaire est déjà en place.
- Le salarié reçoit l’intégralité de son salaire en un seul versement, directement de l’employeur.
- La demande s’effectue via la DSN, au moment du signalement de l’arrêt de travail.
Qu’est-ce que la subrogation de salaire ? Définition
En cas d’arrêt de travail, un salarié peut prétendre à deux indemnisations distinctes :
- Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS), versées par sa caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) ;
- Un complément de salaire versé par son employeur, selon les conditions définies par la loi ou la convention collective.
La subrogation de salaire est un mécanisme encadré par l’article R.323-11 du Code de la Sécurité sociale qui permet à l’employeur de se substituer au salarié pour percevoir directement les indemnités journalières auprès de l’assurance maladie.
L’employeur avance l’intégralité des sommes dues (IJSS + complément de salaire) et se fait ensuite rembourser les IJSS par la CPAM. Le salarié reçoit donc un versement unique de son employeur sur son bulletin de paie habituel, sans avoir à gérer lui-même ses démarches auprès de la CPAM.
Quelle est la différence entre maintien de salaire et subrogation ?
Maintien de salaire et subrogation sont deux notions souvent confondues, alors qu’elles désignent des mécanismes bien distincts :
| Critère | Maintien de salaire | Subrogation de salaire |
|---|---|---|
| Nature | Obligation légale | Mécanisme optionnel |
| Base légale | Article L.1226-1 du Code du travail | Article R.323-11 du Code de la Sécurité sociale |
| Qui verse au salarié ? | Employeur + CPAM (deux flux séparés) | Employeur uniquement (un seul flux) |
| Qui reçoit les IJSS ? | Le salarié directement | L’employeur (remboursé ensuite par la CPAM) |
| Accord du salarié requis ? | Non | Parfois (si maintien partiel non prévu par la CCN) |
Le maintien de salaire : une obligation légale encadrée
L’article L.1226-1 du Code du travail impose à l’employeur de maintenir tout ou partie du salaire d’un salarié en arrêt de travail, sous réserve que :
- Le salarié justifie d’au moins 1 an d’ancienneté au premier jour de l’arrêt ;
- Il transmette son certificat médical dans les 48 heures suivant la prescription du médecin ;
- Il soit pris en charge par la Sécurité sociale.
Le maintien de salaire démarre à partir du 8ème jour d’absence (tandis que les IJSS démarrent après 3 jours de carence), sauf en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle où il commence dès le 1er jour.
Au niveau des taux légaux : 90 % du salaire brut pendant les 30 premiers jours, puis 66,66 % du 31e au 60e jour.
💡 Bon à savoir : Ces durées augmentent avec l’ancienneté : jusqu’à 90 jours à 90 % et 90 jours à 66,66 % pour les salariés ayant 31 ans et plus d’ancienneté. Par ailleurs, un accord d’entreprise ou une convention collective peut tout à fait prévoir des conditions plus favorables.
La subrogation : un mécanisme de simplification, mais pas une obligation
À l’inverse, l’employeur n’est jamais obligé de mettre en place la subrogation (même s’il maintient le salaire). Sans ce dispositif, le salarié reçoit deux versements distincts et potentiellement décalés dans le temps : les IJSS de la CPAM d’un côté, le complément de salaire de la part de l’employeur de l’autre.
Mais à noter que ce décalage peut créer des difficultés financières passagères pour le salarié, d’où l’intérêt du dispositif. La subrogation ne peut donc pas exister sans maintien de salaire, mais le maintien de salaire peut très bien exister sans subrogation.
Quelles sont les conditions pour mettre en place la subrogation ?
Pour que le principe de subrogation puisse s’appliquer, deux conditions cumulatives doivent être réunies :
- L’employeur maintient tout ou partie du salaire pendant la durée de l’arrêt de travail (prévu par le contrat, la convention collective ou un accord d’entreprise) ;
- Le salaire maintenu est au moins égal au montant des IJSS dues au salarié pour la même période.
Lorsque le salaire est maintenu à 100 %, l’employeur est subrogé de plein droit : vous n’avez pas besoin de l’accord préalable du salarié. Lorsque le maintien est partiel, l’accord écrit du salarié devient obligatoire (sauf si la convention collective ou l’accord d’entreprise le prévoit déjà expressément).
Dans quels cas s’applique la subrogation de salaire ?
Dans le cadre de la subrogation, tous les arrêts de travail indemnisés par la Sécurité sociale sont concernés :
- Arrêt maladie (c’est le cas le plus courant, avec un délai de carence de 3 jours avant les IJSS) avec une visite médicale de reprise obligatoire à la fin de l’arrêt pour les arrêts ≥ 60 jours ;
- Accident du travail ou accident de trajet (pas de délai de carence, indemnisation dès le 1er jour) ;
- Maladie professionnelle ;
- Congé maternité, congé paternité ou d’adoption ;
- Mi-temps thérapeutique (subrogation sur les IJSS partielles liées aux heures non travaillées).
Comment faire la demande de subrogation des indemnités journalières à la CPAM ?
Les démarches en pratique
La demande de subrogation s’effectue au moment du signalement de l’arrêt de travail dans la Déclaration Sociale Nominative (DSN), par le bien de net-entreprises.fr.
Vous devez ensuite suivre 3 étapes :
- Cocher la rubrique « Demande de subrogation en cas de maintien de salaire » dans votre DSN ;
- Renseigner les dates de début et de fin de la période de subrogation. Attention, la date de fin correspond au terme du maintien de salaire prévu par votre convention collective, pas nécessairement à la date de fin de l’arrêt de travail ! ;
- Indiquer le numéro du compte bancaire (IBAN/RIB) de l’entreprise sur lequel la CPAM virera les indemnités journalières tous les 14 jours en moyenne.
💡 Bon à savoir : Si votre entreprise n’est pas encore en DSN, la demande de subrogation peut être effectuée via l’attestation de salaire papier sur net-entreprises.fr en complétant l’encadré dédié. Pour aller plus loin sur les contrôles à mettre en place côté employeur, consultez notre guide sur les règles du maintien de salaire en cas d’arrêt maladie.
La demande de prolongation via l’attestation rectificative
- En cas de prolongation de l’arrêt au-delà de la durée initialement prévue, pas de panique : si la date de fin maximale avait bien été renseignée dès le signalement initial, aucun nouveau signalement n’est nécessaire.
- Dans les autres cas de prolongation, transmettez une attestation rectificative à la CPAM au plus tôt pour corriger les informations.
Subrogation de salaire et bulletin de paie : comment ça s’affiche ?
Sur le bulletin de paie, les IJSS subrogées apparaissent dans la rubrique « revenus de remplacement ». Leur traitement est spécifique :
- Exonérées de cotisations sociales (pas de charges patronales ni salariales) ;
- Soumises à la CSG-CRDS au taux de 6,70 % pour les personnes non exonérées (un taux réduit ou une exonération peut s’appliquer selon le niveau de revenus du foyer fiscal ;
- Soumises au prélèvement à la source : c’est l’employeur qui applique le taux de prélèvement du salarié sur la part correspondant aux IJSS nettes.
Le bulletin de paie doit faire apparaître clairement : le montant des IJSS brutes, le complément employeur, la CSG-CRDS applicable et le net total versé. La « garantie du net » est le calcul clé : il s’agit de s’assurer que le salarié perçoit bien le pourcentage prédéfini du salaire auquel il a droit, après déduction des IJSS nettes.
Exemple de calcul et régularisation des IJSS
Un salarié perçoit un salaire brut mensuel de 2 100 €. Son médecin lui prescrit un arrêt de travail de 15 jours.
Sur la base du calcul réglementaire (moyenne des 3 derniers salaires bruts divisée par 91,25, multipliée par 50 %), la CPAM calcule :
- une indemnité journalière d’environ 34,52 € bruts ;
- soit environ 517,80 € pour 15 jours (hors délai de carence de 3 jours).
⚠️ Ce montant est donné à titre indicatif : le calcul exact dépend des salaires réels des 3 mois précédant l’arrêt et du plafond en vigueur (41,95 € bruts/jour pour les arrêts prescrits en juin 2026, 42,97 € à compter de juillet 2026).
- La CPAM verse 549,90 € directement à l’employeur (subrogation) ;
- L’employeur complète avec l’indemnisation complémentaire prévue par sa convention collective. Si l’on prend l’exemple d’une CCN prévoyant un maintien à 90 % du salaire brut (soit 1 890 € pour un salaire de 2 100 €), l’employeur versera 1 372,20 € pour atteindre ce seuil, une fois les IJSS déduites ;
- Le salarié reçoit un versement unique de 1 890 € sur son bulletin de paie, correspondant à 90 % de sa rémunération habituelle, sans subir le décalage de paiement de la Sécurité sociale.
🚨 Attention : les erreurs de calcul sur le montant des IJSS sont fréquentes, notamment lors de la déduction du salaire brut ou en cas de primes variables !
Avantages et inconvénients de la subrogation de salaire
Avantages pour le salarié et l’employeur
| Pour le salarié | Pour l’employeur |
|---|---|
| Un versement unique de la totalité de ses indemnités, sans délai ni démarche | Gestion comptable simplifiée : un seul flux de paiement à gérer |
| Aucun risque de décalage entre les versements de la CPAM et de l’employeur | Moins d’erreurs de calcul grâce à la centralisation des données via la DSN |
| Meilleure lisibilité sur son bulletin de paie, avec tout regroupé en un seul endroit | Relation de confiance renforcée avec le salarié absent, qui reçoit son salaire sans interruption |
Points de vigilance et inconvénients
- Avance de trésorerie : l’employeur verse les IJSS avant d’être remboursé par la CPAM (ce délai de 14 jours en moyenne peut peser sur les TPE/PME) ;
- Complexité du bulletin de paie : le calcul CSG-CRDS IJSS, la garantie du net et l’imposition prélèvement à la source complexifient la paie ;
- Erreurs de calcul : les cas de prolongation ou de mi-temps thérapeutique multiplient les risques d’erreurs de calcul sur les fiches de paie (et notamment sur les IJSS) ;
- Difficultés financières pour l’employeur en cas d’arrêt long, si les remboursements CPAM tardent ou génèrent des écarts.
Combien de temps dure la subrogation ? Durée en fonction de l’arrêt maladie
La durée totale de la période de subrogation est définie par votre convention collective ou votre accord de branche (elle peut être inférieure à la durée de l’arrêt de travail).
Exemple : si votre CCN prévoit 6 mois de maintien de salaire, la période de subrogation s’arrête au bout de 6 mois, même si l’arrêt se poursuit. La CPAM reprend alors le versement des IJSS directement au salarié pour la période restante.
La subrogation prend ainsi fin automatiquement :
- À l’échéance du maintien de salaire prévu par la convention collective ;
- Dès la reprise du travail du salarié ;
- En cas de prolongation au-delà du terme de maintien initialement prévu, si aucune modification de la déclaration DSN n’a été effectuée.
💡 Bon à savoir : Indiquez dès le premier signalement la date de fin maximale de la période de subrogation selon votre CCN : vous n’aurez pas à retraiter les cas de prolongation si l’arrêt s’étend dans cette limite.
Problèmes de paiement et erreurs : quels recours ?
Si votre processus de subrogation génère des complications, plusieurs recours s’offrent à vous :
- Si la CPAM tarde à rembourser : l’employeur reste tenu de verser le salaire au salarié à l’échéance. Relancez le service des indemnités journalières de la CPAM et saisissez la commission de recours amiable en cas de litige persistant,.
- En cas d’erreurs de calcul sur le montant des IJSS : contactez la CPAM pour une régularisation. Si trop-perçu, une retenue sur salaire est possible (dans les limites légales).
- Erreur dans les dates de la DSN : transmettez une attestation rectificative sans attendre pour éviter que les versements soient dirigés vers la mauvaise partie.
La subrogation de salaire est donc un outil efficace, mais son bon fonctionnement s’inscrit dans un processus de paie rigoureux : montant des IJSS, calcul de la garantie du net, remboursements CPAM, bulletins de paie conformes… Chaque arrêt de travail mobilise du temps et de l’expertise.
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FAQ : Questions fréquentes sur la subrogation de salaire
Comment fonctionne l’imposition et le prélèvement à la source (PAS) avec la subrogation de salaire ?
En cas de subrogation, l’employeur devient collecteur de l’impôt sur les revenus de remplacement. Il doit appliquer le taux de prélèvement à la source (PAS) sur l’assiette composée de la rémunération nette fiscale et du montant imposable des IJSS (montant brut – CSG déductible de 3,80 %).
Attention : pour la maladie non professionnelle, cette obligation est limitée aux 60 premiers jours de l’arrêt. Au-delà, le PAS n’est plus pratiqué par l’employeur sur les IJSS. Enfin, bien que soumises au PAS, les IJSS subrogées ne sont pas intégrées à la Rémunération Nette Fiscale (RNF) en DSN pour éviter toute double imposition.
Quel est le principe de la subrogation de salaire en cas de congé maternité ?
En congé maternité, la subrogation permet à l’employeur de percevoir les IJSS directement de la CPAM pour vous les reverser. Ce mécanisme garantit le maintien de votre revenu sans décalage de trésorerie. L’employeur avance l’intégralité du salaire (souvent 100 % du net selon la convention collective) et se fait rembourser par l’Assurance Maladie tous les 14 jours. Ce dispositif est de plein droit si le salaire est maintenu intégralement, simplifiant ainsi vos démarches administratives durant votre absence.
Comment s’applique la subrogation en cas d’accident du travail ?
En cas d’accident du travail, la règle de suppression du délai de carence s’applique non seulement aux indemnités journalières de la Sécurité sociale, mais également au maintien de salaire versé par l’employeur, qui s’applique sans condition d’ancienneté.
Ainsi, dans le cadre d’une subrogation pour accident du travail, le salarié ne subit aucune perte de revenus liée à un délai d’attente, l’employeur avançant la totalité de la rémunération (IJSS + complément) dès le démarrage de l’absence.
Notez que la vigilance est de mise si le sinistre survient lors d’un accident au cours d’une sortie d’entreprise, car la qualification d’accident du travail nécessite alors de prouver que le salarié restait sous l’autorité de l’employeur.
Quels sont les recours en cas de non-paiement des indemnités journalières par l’employeur ?
Le salarié dispose de plusieurs recours :
-
- Contacter l’employeur par écrit pour signaler le non-paiement et demander la régularisation.
-
- Saisir le Conseil de prud’hommes en cas de litige persistant.
-
- Demander la réétude du dossier à la CPAM si le retard est dû à un problème de remboursement CPAM.
-
- Faire appel à l’inspection du travail si la situation se prolonge ou si l’employeur est de mauvaise foi.
